Указом Главы РД Владимира Васильева, Екатерина Толстикова назначена заместителем Председателя Правительства Республики Дагестан - министром по земельным и имущественным отношениям Республики Дагестан.
2005 - 2010 гг. - начальник отдела, заместитель начальника Управления Федерального агентства по науке и инновациям.
2010 - 2012 гг. - помощник Министра, заместитель директора, директор Департамента инвестиционного развития и федерального имущества Минобрнауки России.
2012 - 2014 гг. - директор Департамента управления сетью подведомственных организаций Министерства образования и науки Российской Федерации.
2014 – 2016 гг. - заместитель министра образования и науки Российской Федерации.